Die historische Entwicklung des Finanzamts ist aufs engste mit der wechselvollen Geschichte der alten Herzogstadt Burghausen verknüpft, die auf die Kelten- und Römerzeit zurückgeht.

Seit dem 12. Jahrhundert bis zum Jahre 1802 war Altbayern unter den Wittelsbachern in die vier Regierungsbezirke ("Rentämter") München, Landshut, Straubing und Burghausen eingeteilt. Das Rentamt Burghausen umfasste den Inn- und Salzachkreis von Schärding bis Reichenhall und Traunstein. Zum Rentamt gehörte das sogenannte "Kastenamt", das die Finanzverwaltung besorgte.

1779 musste das Innviertel an Österreich abgetreten werden, Burghausen wurde Grenzstadt. Nunmehr wanderten Ämter ab, Wasserwege und Straßen verrodeten.

1808 schuf man 15 Generalkreiskommissariate (Regierungen), unter ihnen auch Burghausen für den Salzachkreis. die Finanzverwaltung nahm die Finanzdirektion mit dem Kreisfinanzdirektor an der Spitze wahr.

1817 kam es im Rahmen der Neugliederung der Kreise zur Zusammenlegung des Salzachkreises mit dem Isarkreis. Die Finanzdirektionen wurden aufgehoben und an deren Stelle die Rentämter als Vorläufer der heutigen Finanzämter errichtet. Das Rentamt verblieb in Burghausen, wohingegen das Bezirksamt 1863 nach Altötting verlegt wurde.

Bis 1958 war das Finanzamt in einem der schönsten historischen Gebäude Burghausens, im sog. Taufkirchenpalais, untergebracht. Dieses Gebäude erwarb der bayerische Staat 1807; es diente bis 1817 als Regierungs- und anschließend als Gerichtsgebäude. Als 1894 das Gericht ein neues Gebäude bezog, wurde das Rentamt (Finanzamt), das ursprünglich im Rentmeisterstock der Burg, später dann aber im sog. "Barbarinohaus" in den Grüben untergebracht war, in das "Taufkirchenpalais" verlegt. Nach einem halben Jahrhundert genügte dieses historische Gebäude mit der schönen Fassade, das einst Napoleon beherbergt hatte, den Bedürfnissen des Amtes nicht mehr.

Man entschloss sich daher zu einem gemeinsamen Neubau für Finanzamt und Vermessungsamt am Rande der Altstadt in unmittelbarer Nähe der neuen Brücke, die über die Salzach in das benachbarte Österreich führt. Am 8. August 1958 wurde das jetzige Dienstgebäude gleichzeitig mit dem Vermessungsamt bezogen. Die aufsteigende industrielle Entwicklung im Amtsbezirk brachte ein ständiges Anwachsen der Aufgaben mit sich und bescherte dem Finanzamt neue Raumprobleme. Die Auslagerung und Unterbringung des Vermessungsamtes in einem eigenen Dienstgebäude, das gegenüber dem Finanzamt errichtet wurde, brachte 1979 dem Finanzamt die notwendigen Räume.

Bereits 10 Jahre später reichten die Räumlichkeiten nicht mehr aus. Im Herbst 1989 mussten Teile des Finanzamts in das erworbene Forstamtsgebäude ausgelagert werden.

Im Herbst 1997 erhielt das Finanzamt Räume im gegenüberliegenden Vermessungsamt.

Mit dem Polizeineubau im Jahre 2003 in der Neustadt von Burghausen, hatte das Finanzamt die Möglichkeit, das frühere Polizeigebäude zu erwerben und nach dessen Renovierung wurde ein großer Aufgabenbereich dorthin verlagert. Gleichzeitig wurde das "Forstamtsgebäude" aufgegeben.

Das früher überwiegend landwirtschaftliche Gepräge des Amtsbezirks hat sich infolge der zunehmenden Industrialisierung stark verändert. Beherrschend sind nun die großen chemischen Werke, die in Burghausen, Gendorf, Hart bei Garching und Töging zu finden sind und die der Industrie-Region Inn-Salzach-Alz auch die Bezeichnung "Chemiedreieck" eingebracht haben. Neben den Industriegroßbetrieben mit rund 17.000 Arbeitsplätzen bestehen im Amtsbezirk noch 89 Industriebetriebe mit mehr als 20 Beschäftigten sowie 1480 Handwerksbetriebe.